根据《行政处罚法》和国土资源管理法律、法规的规定，国土资源管理部门处理国土资源违法案件的一般程序：
一、受理和立案
1.受理
接到举报、控告、移送、上级交办、主动交代的有违反行政法律规范的行为，应予处理。
2.审查
审查的内容包括：案件材料所反映的情况是否可靠；案件的违法性质和情节是否应追究法律责任；是否应由本级、本部门管辖等。
3.立案
审查符合立案条件的，应填写立案呈批表，经主管负责人审批后立案，指定案件承办人，调查取证；审查不符合立案条件的不予立案，并告知交办、移送案件的单位和举报人；审查发现不属于自己处理的，应向交办、移送案件的单位和举报人说明，同时将材料移送有处理权的机关。
二、调查和处理
1.调查
调查主要包括询问当事人和证人，取证主要指现场勘验检查和就专门问题进行的鉴定。调查取证必须遵循全面、客观、公正的原则。
《行政处罚法》规定，执法人员在调查、收集证据时，不得少于两人，并应当向被调查人出示证件。执法人员与当事人有直接利害关系的，应当回避。
2.处理
案件调查结束后，承办人应当根据事实和法律、法规提出违法案件调查报告。对违法案件的处理，应当由国土资源行政主管部门领导进行首长负责制下的集体审议。审议应制作笔录，由参加审议的成员签名。
调查终结的案件，应当区别不同情况予以处理：
(1)认定违法事实不成立的，撤销立案，重大案件的撤销应当报上一级人民政府国土资源行政主管部门备案；
(2)认定违法行为轻微，依法可以不予行政处罚的，不予行政处罚；
(3)认定确实存在违法事实的，及时发出《责令停止国土资源违法行为通知书》；
(4)认定当事人拒绝、阻碍执法人员依法执行职务的，将案件移送公安机关；
(5)认定国家机关工作人员违法，应当给予行政处分的，依法给予行政处分；自己无权处理的，提出行政处分建议书并附调查报告和相关证据，移送有权处理的部门；
(6)认定违法行为构成犯罪的，应当将案件及时移送有关机关。
(7)认定违法事实清楚，证据确凿的，进入行政处罚告知和听证程序。
三、告知和听证
1. 告知
国土资源行政主管部门在对违法行为作出行政处罚前，应当以书面形式告知当事人作出处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。
2. 听证
《行政处罚法》第四十二条规定，行政机关在作出责令停产停业、吊销许可证或执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当书面告知当事人有要求举行听证的权利。若当事人要求听证，应当在行政机关告知后三日内提出，行政机关应当在听证的七日前，通知当事人举行听证的时间、地点。
四、决定和送达
1.决定
经过告知和听证之后，国土资源行政主管部门应遵循集体审议原则，根据案件的具体情况作出决定。
(1)当事人确有受行政处罚的违法行为，根据情节轻重及具体情况，作出行政处罚决定。
(2)认为当事人的违法行为已构成犯罪的，应当移送司法机关。
(3)当事人有违法行为，但情节显著轻微，可不给予行政处罚的，应当作出免予行政处罚的决定。
(4)当事人没有违法行为或者依法不应当给予行政处罚的，应当作出撤销案件的决定。
(5)认为依法应当给予当事人行政处分的，依法直接给予行政处分或依法提出行政处分建议书，并将有关证据材料移送检察机关，处理结果应当抄送移送案件的行政机关。
(6)对于冲击国土资源行政主管部门，以暴力威胁或者围攻、殴打、侮辱执法人员，拒绝、阻碍国土资源执法人员依法执行职务的案件，应当移送公安机关或者检察机关处理。
2.送达
违法行政行政处罚决定书作出后，国土资源行政主管部门应当在宣告后当场送达当事人。当事人不在场的，国土资源行政主管部门应当在七日内依照民事诉讼法的有关规定，将违法行为行政处罚决定书送达当事人。
根据有关法律的规定，行政处罚决定书的送达方式有以下几种：
(1)直接送达，是指国土资源行政主管部门指派工作人员直接将行政处罚决定书送交被处罚人的方式。
(2)留置送达，是指被处罚人拒绝签收行政处罚决定书时，国土资源行政主管部门将行政处罚决定书留在被处罚人的住所或其收发部门后即视为已经送达的送达方式。
(3)委托送达，是指国土资源行政主管部门以及有关组织委托有关单位向被处罚人送达行政处罚决定书的送达方式。主要适用于被处罚人或者其他利害关系人不在实施行政处罚的行政机关或者法定授权组织的管辖地域内居住，或者受送达人住所交通不便的情况。
(4)邮寄送达，是指国土资源行政主管部门以及法定授权组织通过邮局，将行政处罚决定书挂号寄给被处罚人及利害关系人的送达方式。
(5)公告送达，是指国土资源行政主管部门或者有关组织发布公告，限期被处罚人收领行政处罚决定书的送达方式。一般适用于受送达人下落不明，或者采取以上送达方式无法送达的情况。公告送达中，自发出公告之日起经过经过六十日，即视为送达。
3.追诉时效
《行政处罚法》第二十九条规定：违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。
五、执行
行政处罚决定依法作出后，当事人应当在行政处罚决定的期限内，予以履行。当事人对行政处罚决定不服申请行政复议或者提起行政诉讼的，行政处罚不停止执行，法律另有规定的除外。
根据《土地管理法》第八十三条的规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除；对继续施工的，作出处罚决定机关有权制止。建设单位或者个人对责令限期拆除的决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉；期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
对发出责令停止土地违法行为通知书后，当事人拒不停止的，国土资源行政主管部门有权制止。
六、结案
承办人在违法案件处理完备后，应当填写结案呈批表，经国土资源行政主管部门负责人批准后结案。结案后，承办人应将办案过程中形成的文书、图件及照片等编目装订，立卷归档。
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